Proses Islamisasi di Indonesia juga di lakukan melalui media pendidikan. Para ulama banyak yang mendirikan lembaga-lembaga pendidikan Islam, berupa pesantren. Pada lembaga inilah para ulama memberikan pengajaran keilmuan Islam (tafaqquh fiddin) dengan berbagai pendekatan, sampai para santri mampu menyerap pengetahuan keagamaan dengan baik. Mereka kemudian kembali ke kampung halaman untuk mengembangkan agama Islam dan membuka lembaga yang sama. Dengan demikian, semakin hari lembaga pendidikan pesantren mengalami perkembangan, baik dari segi jumlah mapun mutunya.      Lembaga pendidikan Islam ini tidak membedakan status sosial dan kelas, siapa saja yang berkeinginan mempelajari atau memperdalam pengetahuan keagamaan Islam, diperbolehkan memasuki lembaga pendidikan ini. Dengan demikian, pesantren dan para ulamanya telah memainkan peran yang cukup penting di dalam proses pencerdasan kehidupan masyarakat, sehingga banyak masyarakat yang kemudian tertarik memeluk Islam. <script asy